استخراج تسلسلات الجينات وتصميم primers

يعد تحديد تسلسل الجينات وتحديد المناطق التي تترجم الى بروتينات بالاضافة الى تحديد الانترونات “وهي المناطق التي لا تترجم الى بروتين ” والاكسونات من الامور العملية المهمة جداً في تطبيقات التقانة الحيوية كما وقد يدفعنا الفضول احياناً للبحث عن تسلسل مورثة ترمز لبروتين ونتسأل عن عدد النكليوتيدات التي تترجم الى بروتين .

الان اصبح هذا الامر سهلا جداً لا يستغرق الا عدة دقائق وفيما يلي شرح بالصور عن بعض مايمكن تطبيقه .

1- يعد موقع ncbi هو الموقع الذي يضم كل تسلسلات المورثات البشرية والغير البشرية . اولاً نتوجه لموقع NCBI Nucleotide system. ونكتب بمربع البحث اسم الجينة التي نبحث عنها هنا نبحث عن جينة BRCA1 وهي اشهر جينة لسرطان الثدي .

1

 

2- باجراء البحث ستظهر العديد من النتائج وسيظهر في اول النتائج الخيارات التالية : Genomic -transcript -protein  في مثالنا سنختار Genomic ويمكن اختيار تسلسل الرنا المرسال وايضاً البروتين حسب مانريد . نضغط على Genomic

brca-refseq-record

 

3- بمجرد الضغط على genomic ستظهر الصفحة الخاصة بتسلسل الجينة ونلاحظ بالاسفل تسلسل المورثة وفي الاعلى معلومات كثيرة عن المورثة مايهمنا هنا هو على اليمين هناك خيار Highlight Sequence Features نقوم بالضغط عليه .

highlight-sequence-features

 

4- بالضغط على خيار Highlight Sequence Features سيتم تلوين المناطق التي تترجم الى احماض امينية باللون البني ونلاحظ بالاسفل وجود شريط وعند  كلمة Feature   ويمكن تغيير cds “والتي تعني المنطقة المترجمة للبروتين ” الى اكسون لتحديد الاكسونات بالجينة ” او الانترون لتحديد الانترونات او mRNA لتحديد الرنا المرسال .

cds-highlighted

 

ونلاحظ ايضاً وجود ارقام وسهم لتغيير الارقام عند كلمة Feature وهي تدل على رقم الاكسون او رقم المنطقة المرمزة للبروتين فمثلا في الصورة السابقة توجد 10 مناطق . عند التغيير من CDS الى exon تظهر الصورة التالية :

exon-display

 

وتلاحظ بقسم details معلومات عن الاكسون المختار وبالصورة معلومات عن اكسون 15 من جينة BRCA1 في الاعلى رقم التسلسل من الجينة والذي يبدأ عنده الاكسون ورقم النهاية بالصورة : 14676….147056 – اسم الجينة :BRACA1  ومرادفات الجينة. وفي الاخير NUMBER يدل على رقم الاكسون .

5- بجانب details يوجد خيار FASTA  بمجرد الضغط عليه سيظهر التسلسل الجيني للمنطقة المختارة    والتسلسل سيظهر بدون ارقام وبشكل يمكن نسخه لملف ورد ويمكن تغيير الخيار ضمن المربع الى GENE لاخذ كامل التسلسل الجيني .

pick-primers

 

عند هذه الخطوة ستلاحظون كما هو موضح بالصورة السابقة على اليمين خيار Pick primers وهو يقوم باختيارالبرايمرات لاجل تفاعل  pcr ويمكن ان يختار فقط لاكسون او لمنطقة محددة من الجينة حسب اختيارك بمربع    في الخطوات السابقة .

6- بالضغط على “Get Primers” ستظهر النتائج الخاصة بالبرايمير كما في الصورة التالية :

primer-blast-output

 

المصدر :

http://ncbiinsights.ncbi.nlm.nih.gov/2014/12/02/designing-exon-specific-primers-human-genome/

اضف رد

لن يتم نشر البريد الإلكتروني . الحقول المطلوبة مشار لها بـ *

*