خرشيات: برنامج عن بعض بروتوكولات البيولوجيا الجزيئية

في هذه الأيام ازداد إستخدام برامج الكمبيوتر من قبل الباحثين لكي يساعدهم في إجراء بحوثهم العلمية بصورة أو بأخرى. و لكن من الصعب العثور على برنامج كمبيوتر معين بغرض إجراء عمليات بعينها. و إذا لم يتمكن الباحث من إيجاد ما يريد من البرامج فيلزم الأمر أن يقوم هو شخصياً بتصميم هذا البرنامج عن طريق كتابته بإستخدام لغة من لغات البرمجة. و من بين لغات البرمجة العديدة المتاحة تم إختيار لغة “البيسيك المرئيMicrosoft Visual Basic”، لتصميم برنامج “خرشيات” حيث تتميز هذه اللغة بالبساطة وسهولة الاستخدام. كما تم استخدام برنامج تحرير الصور الشهير “فوتوشوب Adobe Photoshop” لإضافة بعض الرسوم و الألوان التي جعلت برنامج “خرشيات” ذو شكل جميل و ممتع أثناء استخدامه.

 

تم تصميم برنامج “خرشيات” منذ عام 2010 خصيصاً لإمداد الباحثين و طلاب البحث العلمي في مختلف المعاهد البحثية و الجامعات بأداة مفيدة لبعض البروتوكولات الخاصة بالبيولوجيا الجزيئية. و تم اختبار البرنامج من قبل العديد من المهتمين بمجال البيولوجيا الجزيئية للتأكد من بساطته و سهولة عمله، حيث تم اختبار جميع الحسابات و الأدوات التي يحتويها البرنامج لتجنب حدوث أخطاء البرمجة الشائعة. و منذ وقت إتاحة البرنامج على شبكة الإنترنت و عدد المستخدمين له على مستوى العالم في تزايد مستمر يوماً بعد يوم.

 

على ماذا يحتوي برنامج “خرشيات” :

و يحتوى برنامج “خرشيات” على مجموعة من البروتوكولات التى تغطي معظم مجالات البيولوجيا الجزيئية. فيستطيع الباحث حساب تركيزات مكونات خليط تفاعل البلمرة المتسلسل (PCR) لمجموعة من الواسمات الجزيئية الأكثر استخداماً (SRAP – AFLP – RAPD) بالإضافة لأداة يمكن إستخدامها مع أي واسم جزيئي آخر، و ذلك من خلال حساب تركيزات المكونات المختلفة للخليط مثل الـ dNTPs و MgCl2 و البادئ وغيرها. و يستطيع مستخدم البرنامج التحكم في عدد العينات المطلوب تحضيرها و تغيير الحجم النهائي للخليط.

 

الخدمات التي يقدمها البرنامج : 

يقدم البرنامج إمكانية حساب بعض الخصائص لعديد النيوكليوتيد مثل البادئ أو المجس أو أي شظية من المادة الوراثية. و تشمل الخصائص على الطول والوزن الجزيئي بالدالتون ونسبة قواعد الجوانين و السيتوسين و درجة حرارة الانصهار التي تستخدم لمعرفة درجة الحرارة المناسبة للبادئ في برنامج تفاعل البلمرة المتسلسل.

36456339-da70-4ce8-b2f0-670712f4185d

كما يتيح البرنامج أداة “Molarity” التى تمكن المستخدم من حساب تركيز أي مادة كميائية بالمول أو الملي مول أو الميكرومول بمعلومية الوزن الجزيئي لها ويقوم البرنامج بحساب كمية المادة المطلوبة لهذا التركيز بالجرام أو الملي جرام أو الميكروجرام في الحجم المطلوب تحضيره. وبإعطاء البرنامج كمية المادة الكميائية بالجرام والحجم المطلوب تحضيره يقوم البرنامج بحساب التركيز بالمولر. وتم إدراج في هذه الأداة مجموعة كبيرة من المواد الكميائية الأكثر استخداماً في مجالات البيولوجيا الجزيئية والكمياء العضوية وزراعة الأنسجة.

aea29c88-b87d-4f2e-9ddf-945f7f5b95a1

تم إدراج بروتوكول فعال لعزل المادة الوراثية من الأنسجة النباتية و كيفية تحضير المحاليل المنظمة المستخدمة في طريقة العزل بأي كميات مطلوبة ولأي عدد من العينات. ولحساب تركيز ودرجة نقاوة المادة الوراثية المستخلصة، فإن “خرشيات” به أداة تمكن الباحث من إدخال القراءات الخاصة بقياس عينات المادة الوراثية من جهاز الـSpectrophotometer تحت خمسة أطوال موجية (230, 260, 270, 280, 320nm) ليتم حساب التركيز ودرجة النقاء، كما تقدم هذه الأداة بعض التفسيرات والنصائح في حالة وجود مشكلة تتعلق بالتركيز أو درجة نقاء العينات.

 

غالباً ما يدخل طلاب البحث العلمي في حيرة عند تحضير تركيزات البادئ المستخدم في تفاعل البلمرة المتسلسل، لذلك تم إضافة أداة مميزة في برنامج “خرشيات” تساعد الباحثين في حساب التركيزات المطلوبة بمعلومية كمية البادئ بالميكروجرام أو تركيزه بالبيكومول مع إختيار الحجم المطلوب تحضيره. كما يقدم البرنامج جزء خاص بتقنية التفريد الكهربي للمادة الوراثية باستخدام جل بولي أكريلاميد وطريقة حساب وتحضير المحاليل المستخدمة لذلك، بالإضافة إلى بروتوكول فعال لصبغ الجل بنترات الفضة. ولتنظيم وقت الباحث أثناء إجراء الأبحاث تم إمداد البرنامج بمؤقت يتيح للباحث ضبط أي عدد من الدقائق لتنبيهه بعد إنتهاء الوقت وذلك بتشغيل صوت معين يختاره المستخدم. البرنامج مزود بشرح مختصر مدعوم بصور توضيحية لفهم كل أداة وبعض النصائح التي تساعد المستخدم وتسهل إستخدام البرنامج.

 

يتميز برنامج “خرشيات” باحتواءه على جميع هذه البروتوكولات والأدوات المختلفة التي تم عرضها مجتمعة معاً. كما أن البرنامج قائم بذاته ولا يحتاج إلى أي برامج أخرى لدعمه، كما يعمل بدون الإتصال بشبكة الإنترنت ويتيح الفرصة لحفظ أو طباعة أي نتائج. تم نشر البرنامج بمجلة Genes, Genomes and Genomics الدولية كما تم المشاركة به في عدة مؤتمرات عالمية ومحلية.


   البرنامج متاح للجميع مجاناً ويمكن تحميله بسهولة عبر الرابط التالي: هــنــا

 

  

  • للتحميل
من خلال الرابط الموجود في الاعلى ستفتح صفحة يوجد على اليمين كلمة “DATASET” بالضغط على اسفلها يظهر نافذة التحميل “والتحميل لايحتاج للتسجيل في الموقع

المصدر:
هذه المقالة مأخؤذة من موقع ARSCO منظمة المجتمع العلمي العربي

 

http://www.arsco.org/detailed/07c59c4a-c8a2-465a-b69a-a9c563bc58f1

اضف رد

لن يتم نشر البريد الإلكتروني . الحقول المطلوبة مشار لها بـ *

*